أنشئ مركز أمراض النبات في عام 1994م بهدف القيام بالبحوث العلمية في مجال أمراض النبات والعمل علي إيجاد صلة بين المنتج والباحث في مجال أمراض النبات حتى يتم نقل التقنيات المستحدثة في مجال مقاومة أمراض النبات . وللمركز العديد من برامج التعاون المشترك مع المشاريع الزراعية في السودان ومراكز البحث العلمي المحلية والعالمية بغرض إجراء البحوث المشتركة وحل المشكلات المتعلقة بأمراض النبات . ومن أهم تلك العلاقات تقف العلاقات الفرنسية الأكاديمية مع جامعة الجزيرة هي أهم العلاقات التى نشأت بينهما فى مطلع الثمانينات من القرن الماضي والتي استفاد منها أكثر من 31 أستاذاً من جامعة الجزيرة وبخاصة كلية الزراعة التي حظيت بتدريب أكبر عدد من أساتذتها من بداية التعاون الذي تم بين الحكومة الفرنسية وهذه الجامعة ، ومن أبرز المجالات التى تم إبتعاث الأساتذة إليها بأقسام ومراكز ومعاهد كلية الزراعة ابتعاث عدد من الأساتذة للتخصص فى مجال الإرشاد الزراعي والتدريب ، والبساتين ، علوم المبيدات، وقاية المحاصيل ، علوم التربة والمياه ، البيئة والموارد الطبيعية ، علوم المحاصيل ، بينما نال القطاع الصحي أيضاً حظه من هذه العلاقة حيث تم ابتعاث 3 أساتذة من المعهد القومي للسرطان بولاية الجزيرة للتدريب فى مجال الأحياء الجزيئية بفرنسا ، وكان للمؤسسات الزراعية الصديقة أيضاً حظاً من التدريب ضمن هذا البرنامج حيث تم إبتعاث عدد (3) باحثين من هيئة البحوث الزراعية للتخصص فى ادارة الموارد الوراثية والبساتين لنيل درجة الدكتوراهـ، بجانب ابتعاث عدد (4) باحثين من مصنع سكر كنانة فى مجال أبحاث السكر ، كما حظيت جامعة كردفان بعدد من البعثات للدراسة بفرنسا لنيل درجة الدكتوراهـ في مجالات مختلفة. وقد أثمرت هذه العلاقة التى امتدت لأكثر من عشرين عاماً على دراسة واكتشاف الكثير من مسببات الأمراض على بعض المحاصيل الاقتصادية مثال : قصب السكر ،والخضر، والفاكهة، والموارد الوراثية وإيجاد علاج ناجع لها . تدرب العديد من الأساتذة والباحثين في مجال العلوم الزراعية بالجامعة وامتد التعاون إلى عدد من المؤسسات البحثية مثل هيئة البحوث الزراعية وجامعة كردفان . وتوطدت العلاقات الأكاديمية السودانية الفرنسية بين جامعة الجزيرة لتشمل تبادل الزيارات العلمية للباحثين فى المراكز البحثية الفرنسية (INRA) و(CIRAD) والكثير من المؤسسات الأكاديمية فى السودان .